在生命科学的神秘王国中，真菌分类学是打开微生物资源宝库的金钥匙。全球每年因植物病原真菌造成的农业损失高达2200亿美元（FAO数据），而作为真菌界最大类群子囊菌门（Ascomycota）—31个纲、超过8万已知种的庞大家族—既能孕育着冬虫夏草（Ophiocordyceps sinensis）这类青藏高原特有药用瑰宝，也会威胁中国粮食安全：小麦赤霉病菌（Fusarium graminearum）导致黄淮海麦区年均减产12%，柑橘黑星病菌（Guignardia citricarpa）使华南果园经济损失超20亿元（农业农村部2023年报）。从云南热带雨林的新种发现到东北黑土区的病害防控，中国真菌学家正通过形态学、生物学、生态学和多组学开展真菌界系统分类研究，为全球8%的已知子囊菌绘制“基因身份证”，在生物经济时代重新定义林奈式分类学的人类使命。

近日，海洋之神590线路检测中心张修国教授领衔的真菌系统学和植物病原卵菌分子遗传学研究团队在中科院一区/微生物学顶级刊物《Fungal Diversity》(2023年，IF=24.5)在线发表了题为“Deciphering the evolutionary and taxonomic complexity of Diaporthales (Sordariomycetes, Ascomycota) through integrated phylogenomic and divergence time estimation” 的研究论文，海洋之神590线路检测中心博士生张兆学为论文第一作者，张修国教授为论文通讯作者。该研究揭示子囊菌门中一个重要类群—间座壳目（Diaporthales）真菌进化多样性和分类复杂性。间座壳目（Diaporthales）全球分布广泛，作为内生真菌、病原菌和腐生菌存在于多种生态环境的若干植物类群。本研究团队历经八年，先后从山东、安徽、福建、广东、海南、江苏、辽宁、云南省和广西等地区的多个国家级自然保护区和国家级森林公园采集了上万份研究标本，收集并分离了800余株间座壳目真菌，结合形态学、生态学、多基因系统发育、基因组系统发育、分子时钟推测及代谢通路注释等多种方法，深入探讨了该目真菌的系统发育演化历程、分化时段及代谢分子特征。

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研究发现，间座壳目（Diaporthales）起源较早，其茎节点年龄约为1.815亿年，冠群年龄约为1.577亿年。此外，文章综合评价了间座壳目（Diaporthales）中35个科及其属、种形态学、生态学、生物学及分子系统学数据，澄清了若干属、种分类混乱，修订了属、种分类标准与分类框架，合格描述了新科2个Sinodisculaceae 和Ternstroemiomycetaceae，新属5个Anadiaporthostoma、Lunatospora、Microphaeotubakia、Neoplagiostoma和Ternstroemiomyces，新种55个，新种复合群3个，新寄主记录32个，新组合3个。

 Fig. 1间座壳目多基因系统发育树

 Fig. 2 间座壳目分化时间估计  

Fig. 3 间座壳目基因组学系统发育树

本研究对113株模式菌或非模式菌进行了基因组测序，通过基因家族、序列变异性和序列保守性分析，表明间座壳科（Diaportheceae）物种间遗传分化显著，序列保守性较低，显示出较高的进化复杂性和演化悠久性；然而，个别物种遗传多样性分化范围较窄，序列变异较低，造成了了进化历程与分化时段的复杂性。通过进一步KEGG代谢通路分析表明，间座壳目真菌在嘌呤代谢和核糖体等基础代谢途径上具较高的活性，这可能为其在不同环境中稳健生长和胁迫应答提供了重要依据。该研究丰富了我国乃至全世界范围的真菌多样性资源，并为全面理解间座壳目进化历程与分化时钟提供了重要科学理论。

Fig. 4 间座壳目部份物种的KEGG代谢通路热图。

本研究获得了国家自然科学基金地区联合重点项目和国家自然科学基金中国孢子植物志的资助。研究团队一直从事重要蔬菜卵菌高致病流行机制和综合防治技术、无性丝孢真菌系统分类学及多样性、真菌有性进化分子遗传机制以及等研究，近年来在国际顶级学术期刊发表了一系列高水平研究论文，研究成果受到国外同行学者的高度关注。

文章链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s13225-025-00551-4

Fungal Diversity

责任编辑：张修国    

供稿审核：刘敏    

终审：安宁